Zoom sur l’équipe de recherche PHySE
L’équipe Pathogènes Hydriques Santé Environnements (PHySE) de l’UMR 5151 (HydroSciences Montpellier) co-dirigée par le Pr. Estelle Jumas-Bilak et le Dr. Patricia Licznar-Fajardo, s’inscrit dans l’étude des nouveaux risques infectieux liés à l’eau, en lien avec l’antibiorésistance, l’émergence de maladies, la vulnérabilité des populations et des écosystèmes, les risques classiques et émergents dans les pays du Sud, ainsi que la nécessité de développer de nouveaux outils de surveillance.
Axes de recherche
- Comparer la diversité et la dynamique des pathogènes dans les hydrosystèmes anthropisés et chez l’homme, notamment les patients vulnérables.
- Comprendre les mécanismes d’évolution des pathogènes hydriques : virulence, persistance, transmission et résistance.
- Étudier les interactions entre hôtes (humains, vecteurs arthropodes), eau et pathogènes pour mieux cerner leur persistance et leur transmission.
- Analyser l’impact des contraintes climatiques, hydrologiques et abiotiques sur l’émergence et la dissémination des pathogènes présents dans l’eau.
- Relier la dynamique des bactéries et virus dans l’eau à l’épidémiologie des maladies infectieuses humaines.
- Identifier et valider des méthodologies et des indicateurs pour étudier et surveiller les risques infectieux émergents liés à l’eau ou révélés par l’eau et proposer des moyens de lutte et des réponses intégrées.
Activités hospitalières
Une partie de l’équipe PHySE a des activités hospitalières au Service de la Prévention des infections et de la Résistance (SPIR) du CHU de Montpellier et au Laboratoire de Microbiologie et Hygiène Hospitalière du CHU de Nîmes. Ces liaisons fortes avec l’hôpital permettent à l’équipe PHySE d’aborder des questions scientifiques en santé-environnement en lien avec des problématiques hospitalières.
Dans ce contexte, l’équipe s’intéresse à la diversité, la dynamique de la colonisation microbienne et l’adaptation des pathogènes d’origine hydrique dans le tractus respiratoire des patients atteints de mucoviscidose, patients particulièrement vulnérables aux infections pulmonaires chroniques par ces pathogènes.
Le risque infectieux est également étudié dans l’environnement hospitalier au plus proche du patient mais aussi tout comme l’émergence, la persistance et la dissémination d’antibiorésistances dans des hydrosystèmes tels les rivières, les eaux souterraines, les eaux usées, les eaux littorales. Autre exemple de lien entre activités de recherche et hôpital, l’équipe PHySE a été en première ligne dans la crise COVID et assure aujourd’hui la veille épidémiologique COVID au CHU.
Une approche transversale et collaborative
Au-delà de ses thématiques de recherche, PHySE incarne l’importance du travail collectif en science. Chaque membre, du doctorant à la technicienne, joue un rôle clé dans la construction des savoirs et l’innovation scientifique. Les travaux de Vincent Jean-Pierre sur Achromobacter ou l’engagement quotidien d’Isabelle Zorgniotti illustrent cette dynamique, où expertise et transmission se conjuguent pour mieux comprendre et prévenir les risques infectieux liés à l’eau.
Vincent JEAN-PIERRE, pharmacien biologiste, Assistant Hospitalier Universitaire (AHU) en Bactériologie au CHU de Nîmes et à la Faculté de Pharmacie de Montpellier
Quel est ton parcours ?
J’ai débuté mes études de pharmacie à Montpellier, où j’ai rapidement développé un intérêt pour l’enseignement et la recherche. Engagé comme tuteur en chimie organique, j’ai aussi occupé la vice-présidence de l’Association des Tuteurs en Pharmacie.
Parallèlement, j’ai effectué un premier stage de recherche en chimie thérapeutique sous la direction du Pr. Vincent Lisowski, portant sur la synthèse de molécules anticancéreuses. J’ai ensuite réalisé mon « stage d’initiation à la recherche » au sein du laboratoire de bactériologie sous la responsabilité du Pr. Hélène Marchandin où j’ai étudié la colonisation par S. aureus toxinogène chez les patients atteints de mucoviscidose. Cette immersion en microbiologie a confirmé mon attrait pour cette discipline.
J’ai poursuivi avec un internat en Biologie Médicale à Grenoble, tout en renforçant mes compétences pédagogiques et scientifiques grâce à un DU en pédagogie et un Master 2 en infectiologie. Ma thèse d’exercice sur les cibles vaccinales du virus d’Epstein-Barr et mon mémoire de DES sur la sérologie de la toxoplasmose ont enrichi ma formation en virologie et diagnostic médical.
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Pourquoi as-tu choisir la filière internat ?
Issu d’une famille d’enseignants, j’ai toujours voulu transmettre mon savoir. Mon rôle de tuteur et ma passion pour la bactériologie m’ont naturellement conduit vers l’internat, combinant pratique hospitalière et recherche.
Aujourd’hui, être AHU dans la faculté qui m’a formé et aux côtés de l’équipe qui a nourri ma vocation est un véritable honneur.
Sur quoi porte ta thèse ?
Actuellement en 3e année de Doctorat, je mène mes recherches au sein de l’équipe PHySE. Mon sujet de thèse, intitulé « Succès épidémiologique des pathogènes opportunistes du genre Achromobacter : étude des facteurs de virulence et de persistance », vise à mieux comprendre comment ces bactéries parviennent à s’adapter, persister et provoquer des infections, notamment chez les patients atteints de mucoviscidose.
Mes travaux explorent des mécanismes encore peu décrits, tels que la production de sidérophores, la cytotoxicité, la résistance aux antibiotiques et la capacité d’adhésion de ces bactéries, des éléments clés de leur virulence. En éclairant ces aspects méconnus, cette recherche pourrait ouvrir la voie à de nouvelles stratégies de lutte contre ces infections opportunistes à Achromobacter.
Ton activité hospitalière est-elle en lien avec ta thèse ?
Bien que le CHU de Nîmes ne dispose pas de Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose (CRCM), mon équipe collabore avec le Dr. Raphaël Chiron du CRCM de Montpellier sur plusieurs projets de recherche, renforçant ainsi la pertinence clinique de mes travaux.
Comment envisages-tu l’avenir ?
Je vise l’obtention de mon Doctorat d’Université pour poursuivre une carrière hospitalo-universitaire en tant que MCU-PH en bactériologie.
Isabelle Zorgniotti, technicienne de classe exceptionnelle
Un parcours construit par l’expérience et la motivation
J’ai intégré le laboratoire en 1992 comme adjointe technique, responsable du préparatoire. J’y préparais et stérilisais les milieux de culture et autres réactifs. J’ai évolué grâce à ma motivation et aux enseignants-chercheurs qui m’ont formée aux techniques de microbiologie. J’ai progressé par concours internes, devenant technicienne en 2012, puis technicienne classe supérieure en 2016 et classe exceptionnelle en 2020.
Un rôle partagé entre enseignement et recherche
Mon temps se répartit entre l’enseignement et la recherche. En enseignement, je prépare et organise les travaux pratiques de bactériologie, veille au matériel et assiste les étudiants durant les séances.
En recherche, je travaille avec l’équipe PHySE de l’UMR HydroSciences Montpellier, en soutien aux doctorants et stagiaires sur divers projets liés à la santé et à l’eau.
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Des projets de recherche appliqués
Je collabore avec le Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose du CHU de Montpellier. J’ai participé à une étude financée par «Vaincre la Mucoviscidose», comparant les bactéries des voies respiratoires de patients avec celles de leur environnement domestique. Dans le cadre des travaux de recherche de Vincent Jean-Pierre, j’ai travaillé sur l’évaluation de la sensibilité d’isolats de Pseudomonas aeruginosa aux antibiotiques.
Dans un autre projet avec le service médicolégal du CHU, j’ai contribué au développement d’une technique de PCR permettant d’aider à la détermination de la cause du décès en cas de suspicion de noyade.
Je suis aussi impliquée dans des recherches sur l’antibiorésistance, accompagnant actuellement une étudiante en hydrogéologie d’une autre équipe d’HSM, en réalisant des analyses bactériologiques d’eaux souterraines.
Un soutien essentiel aux étudiants
J’accueille et forme les doctorants, étudiants en master et en pharmacie en les sensibilisant aux règles du laboratoire et aux bonnes pratiques. Je leur enseigne les techniques de bactériologie, biologie moléculaire et l’utilisation des équipements. Référente pour les commandes, je les conseille dans le choix des réactifs et consommables.
Avec mes collègues, nous veillons à leur encadrement et au bon déroulement des recherches, contribuant ainsi à leur formation et à l’avancement scientifique.